Nguyên tắc bảo lưu giáo hội (Reservatum ecclesiasticum) đã được thử nghiệm trong Chiến tranh Köln (1583-1588), phát triển ngoài kịch bản được Ferdinand hình dung khi ông viết điều luật tạm thời: Tuyển hầu tước giáo phận trị vì, Hermann của Wied, chuyển đổi sang Tin lành; Mặc dù ông không đòi hỏi dân chúng phải đổi đạo, ông đã đặt Calvinism tương đương với Công giáo tại khắp lãnh thổ Köln. Điều này tự nó xuất hiện như một vấn đề pháp lý hai mặt: đầu tiên, Calvinism được coi là một dị giáo; Thứ hai, tuyển hầu tước đã không từ chức, điều này khiến ông đủ điều kiện, ít nhất là về mặt lý thuyết, để bỏ phiếu bầu Hoàng đế. Cuối cùng, cuộc hôn nhân của ông đã tạo ra một tiềm năng rất thực tế để chuyển đổi lãnh thổ của một thân vương giám mục thành một công quốc triều đại, thay đổi sự cân bằng của quyền lực tôn giáo trong Đế chế.

Một tác dụng phụ của sự biến loạn tôn giáo là quyết định của Karl V về việc thoái ngôi và chia lãnh thổ Habsburg thành hai phần. Anh trai của ông, Ferdinand cai trị vùng đất Áo, và con trai Công giáo nhiệt thành của Karl V, Philip II, trở thành người cai trị Tây Ban Nha, Hà Lan thuộc Tây Ban Nha, một phần của Ý và các tổ chức ở nước ngoài khác.